A barreira mucosa intestinal apresenta alta permeabilidade a macromoléculas ("leaky gut") até o terceiro mês de vida corrigida, independentemente do tipo de alimentação (leite materno ou fórmula), devido à ausência completa de IgA secretora.

O esvaziamento gástrico em prematuros ocorre de forma mais acelerada quando comparado aos recém-nascidos a termo, em razão da imaturidade dos mecanismos de feedback duodenal mediados por hormônios como a colecistoquinina e a secretina, o que reduziria a inibição gástrica pós-prandial. Esse fenômeno permitiria a progressão mais rápida dos volumes de alimentação enteral, favorecendo a introdução precoce de maiores cargas nutricionais sem impacto negativo na tolerância gastrointestinal.

A absorção de gorduras é altamente eficiente em prematuros < 32 semanas devido à atividade compensatória da lipase gástrica e da lipase do leite materno, que suplantam completamente a deficiência transitória de lipase pancreática e sais biliares.

A atividade da lactase está presente ainda no período fetal e encontra-se elevada ao nascimento a termo; em prematuros, pode haver atividade relativa menor, sem que isso configure intolerância funcional obrigatória à lactose. A tolerância à lactose depende da idade gestacional, da carga ofertada e da adaptação intestinal, não sendo correto afirmar incapacidade digestiva generalizada nesses recém-nascidos.