Materiais perfurantes contaminados, como vidros quebrados e pipetas descartáveis, devem ser colocados em caixas de descarte com os demais materiais descartáveis do laboratório.

Os métodos físicos de esterilização de materiais contaminados utilizam gases como o óxido de etileno (ETO), que possuem baixa toxicidade.

A esterilização é um processo exclusivamente físico, que elimina microrganismos seguindo as seguintes etapas: limpeza, enxágue, secagem e armazenamento adequado.

O material contaminado por agentes biológicos deve ser colocado em recipientes com tampa e à prova de vazamentos, sem necessidade de identificação.

O manuseio de material contaminado exige cuidado com os equipamentos de proteção individual (EPIs), a desinfecção adequada das superfícies e a utilização de recipientes seguros para o transporte do material a ser esterilizado.