A abordagem da terapia empírica de ITU aguda complicada depende da gravidade da doença, dos fatores de risco para patógenos resistentes e de fatores específicos do hospedeiro. Um exemplo de inibidor de parede que comumente é usado nesse tipo de infecção são as quinolonas.

A presença de febre é um fator de melhor prognóstico, pois indica que a infecção se restringe à bexiga. Entretanto, se nenhuma intervenção for tomada, pode ocorrer disseminação pelos ureteres.

Staphylococcus aureus sensível à meticilina é a causa mais frequente de infecções agudas complicadas do trato urinário.

Os fatores de risco para ITU com organismos resistentes incluem uso recente de antimicrobianos de amplo espectro, exposições a cuidados de saúde e viagens para partes do mundo onde organismos multirresistentes são predominantes.