Antes da colonização, não havia populações indígenas na região; os primeiros habitantes chegaram somente com os colonos vindos do Rio Grande do Sul.

O município foi emancipado em 1953, após desmembramento do município de Chapecó, e seu território sempre pertenceu apenas a esse município.

O nome "Anchieta" se deve ao fato de que Padres Jesuítas jesuítas fundaram uma missão local com o mesmo nome no século XVIII, época em que Anchieta já era vila sob esse nome.

A colonização formal de Anchieta teve início no fim da década de 1940 e início da década de 1950, com famílias, em sua maioria vindas do Rio Grande do Sul, adquirindo lotes por meio da Colonizadora Pinho & Terras Ltda.