A colonização inicial de Nova Itaberaba foi realizada, exclusivamente, por imigrantes europeus que se estabeleceram em 1930, formando a Vila São João.

O nome "Sede Nova" foi utilizado para designar a primeira sede da colonização, estabelecida na década de 40, enquanto "Sede Velha" referia-se à nova sede criada logo após a chegada dos agentes colonizadores.

A principal atividade econômica de Nova Itaberaba, durante a década de 30, foi a agricultura, substituindo a extração de madeira que predominava antes.

A primeira eleição para o município de Nova Itaberaba ocorreu em outubro de 1991, com a primeira administração empossada em janeiro de 1992.

Itaberaba foi criado como distrito de Chapecó em 10 de agosto de 1956, com a aprovação da resolução nº 03/56 da Câmara Municipal de Chapecó.