O vírus da febre aftosa pertence à família Picornaviridae, gênero Aphtovirus.

Atualmente, existem seis sorotipos diferentes que são endêmicos em algumas partes do mundo: A, O, SAT1, SAT2, SAT3 e Asia1. No Brasil, somente foram detectados os sorotipos O, A e C. O vírus C não é detectado no mundo desde 2004.

O vírus pode sobreviver por 72 a 90 horas no trato respiratório humano, podendo ser disseminado se não forem tomadas medidas preventivas.

O vírus é encontrado em todas as secreções e excreções do animal infectado e pode ser transmitido pelas vias direta (contato entre animais, aerossóis e suas secreções e excreções, sangue e sêmen) ou indireta (água, alimentos, fômites, trânsito de pessoas, equipamentos, materiais, veículos, vestuários, produtos, alimentos de origem animal), entrando no organismo por inalação, ingestão ou abrasão de pele ou mucosas.