As doenças enfezamento pálido no milho, nematóides-das-galhas no café e mosaico-dourado no feijoeiro são controladas com uso de fungicidas preventivos.

As principais medidas de controle da ferrugem asiática na soja, cercoporiose no milho, mancha-angular no feijão e ferrugem no cafeeiro são o uso de cultivares resistentes e o controle químico com fungicidas.

As principais medidas de controle do mofo-branco, doença do feijão e do raiado fino, doença do milho, são: eliminação de restos culturais, uso de sementes sadias, tratamento de sementes, limpeza de máquinas agrícolas e uso de fungicidas.

O vazio sanitátio, período de aproximadamente 90 dias em que não se pode plantar e nem manter plantas vivas de soja e milho em qualquer fase de desenvolvimento na área, é uma importante medida usada para controle da ferrugem asiática na soja e dos enfezamentos pálido e vermelho em milho.