O diagnóstico dessa doença é comum em gatos jovens que apresentam diarreias agudas, hematoquezia e tenesmo. A ocorrência de vômito e anorexia é rara nestes pacientes.

A cronicidade do quadro, inflamação intestinal confirmada pela biópsia e exclusão de outras gastroenteropatias são os critérios exigidos para o diagnóstico de doença inflamatória intestinal.

A identificação do espessamento das alças intestinais durante a palpação abdominal e o exame ultrassonográfico permitem o diagnóstico definitivo da doença inflamatória intestinal.

A biópsia da mucosa duodenal, realizada com o auxílio de um endoscópio, fornece material suficiente para a avaliação histopatológica de lesões inflamatórias luminais e transmurais do intestino.

Parasitismo intestinal, hipersensibilidade e linfoma alimentar apresentam quadros clínicos distintos da doença inflamatória intestinal, o que facilita a realização do diagnóstico diferencial.