A causa da SII é desconhecida, a fisiopatologia não é completamente compreendida, e o tratamento é sintomático, com dieta e medicamentos sintomáticos.

A hiperalgesia visceral é um dos sintomas mais característicos da SII, e os pacientes acometidos sempre têm como primeira manifestação uma diarreia aguda.

É recomendada dieta rica em gordura e em oligossacarídeos fermentáveis.

Em vários casos há uma evolução desfavorável para ulcerações que devem ser retiradas cirurgicamente.

As populações mais acometidas pela SII são as de não-brancos e jovens de menos de 20 anos de idade.