Caberá ao Ministério da saúde, com seus recursos próprios, financiar o Subsistema de Atenção à Saúde Indígena.

O SUS promoverá a articulação do Subsistema de Atenção à Saúde Indígena apenas com as instâncias municipais, sendo vedada a integração com os órgãos federais responsáveis pela Política Indígena do País.

O Subsistema de Atenção à Saúde Indígena deverá ser, como o SUS, descentralizado, hierarquizado e regionalizado.

O custeio e a execução das ações do Subsistema de Saúde Indígena são de responsabilidade apenas da União, sendo vedada a participação complementar de Estados, Municípios ou instituições não-governamentais.