A divisão clássica dos eucariotos passou por significativa reformulação nos últimos anos, dando lugar a uma divisão em seis supergrupos baseados em análises filogenéticas multigênicas, além de características morfológicas e bioquímicas. Dentre esses supergrupos, três deles compõem protozoários de interesse médico e veterinário: Amoebozoa, Chromoalveolata e Excavata. São exemplos de organismos destes grupos respectivamente: