Foi estabelecido um governo permanente na “América portuguesa”, sem a necessidade de alianças com os habitantes nativos.

A Baia de todos os Santos não foi local escolhida para ser instalada a capital da colônia devido à posição geográfica central do território Português na América.

O principal apoiador do Governador era Duarte da Costa, segundo a historiografia oficial naufragou na costa da Bahia em 1509, e ali se estabeleceu e casou com a filha de um chefe dos indígenas Itaparica.

Houve a implantação de um sistema centralizado de poder, por meio do qual o Governador Geral, situado na Cidade do São Salvador, passava a fiscalizar e organizar a Colônia, sendo auxiliado pelo Provedor-Mor, Ouvidor-Mor e Capitão-Mor.

Chegaram padres Jesuítas que foram os mais importantes missionários na atuação religiosa na Bahia, priorizando a formação educacional dos nativos e permitindo aos autóctones autonomia para permanecer com suas crenças e costumes.