Os procedimentos endoscópicos são potencialmente geradores de aerossóis e são de maior risco para transmissão do SARS-CoV-2.

Os exames endoscópicos só deveriam ser realizados, nos casos suspeitos ou confirmados de Covid-19, em salas de pressão negativa e com filtro Hepa. Contudo a SOBED recomenda que a falta desses recursos não deve impedir o médico de realizar esses exames.

Em relação à desinfecção dos aparelhos de endoscopia, as recomendações para desinfecção de alto nível são as mesmas de antes da pandemia.

Para a equipe que realiza procedimentos endoscópicos, os EPIs devem contar com todos os seguintes itens: uso de roupa privativa, touca, máscara cirúrgica, faceshield, avental impermeável, luvas e propé descartável.

A NT 7 da ANVISA recomenda manter o ambiente ventilado (janelas abertas ou exaustão).