A seleção de temáticas sem relação com os marcos curriculares pode comprometer a articulação entre projeto e intencionalidade formativa.

O envolvimento dos alunos na definição de objetivos pode inviabilizar a mediação docente, pois dilui a autoridade pedagógica.

A interdisciplinaridade favorece o aprofundamento conceitual, mas reduz a autonomia dos estudantes na condução do projeto.

A valorização da investigação empírica, sem pensamento crítico, pode tornar os conteúdos excessivamente abstratos ou descontextualizados.

A autonomia dos estudantes no processo de pesquisa é limitada pela rigidez metodológica dos projetos bem estruturados.