capacidade para detectar ligações químicas.

incapacidade de obtenção de análise celular de tecidos e microrganismos em tempo real.

possibilidade de gerar imagens tridimensionais.

incapacidade de realizar varredura vertical em distancias focais diferentes.

capacidade de fornecer quantitativamente a proporção de um elemento químico no local de leitura da amostra.