A configuração interna de um almoxarifado poderá variar, conforme o setor de atuação no qual a empresa está inserida, o seu tamanho, ou o seu modelo de negócios. Podem ocorrer variações em relação aos tipos ou nomes dos estoques; entretanto, é comum à maioria das organizações, a adoção de, no mínimo, cinco diferentes tipos de almoxarifados básicos. São considerados os cinco almoxarifados básicos de uma organização: