As farmácias que mantêm filiais devem possuir laboratórios de manipulação funcionando em todas elas, não sendo permitidas filiais ou postos exclusivamente para coleta de receitas, podendo, porém, a farmácia centralizar a manipulação de determinados grupos de atividades em sua matriz ou qualquer de suas filiais.

É vedado às farmácias com filiais centralizar, em um de seus estabelecimentos, as atividades do controle de qualidade.

É permitida à farmácia, em qualquer situação, a dispensação de medicamentos manipulados em substituição a medicamentos industrializados, sejam de referência, genéricos ou similares.

O Certificado de Análise de matéria-prima sujeita a controle especial deve ser arquivado, pelo período de 6 meses após o término do prazo de validade do último produto com ela manipulado.

No caso de haver necessidade de continuidade do tratamento, com manipulação do medicamento constante de uma prescrição por mais de uma vez, não há necessidade do prescritor indicar na receita a duração do tratamento, pois fica subentendido que a manipulação do medicamento será repetida.