No orçamento-programa, a ênfase do controle recai sobre o objeto do gasto (pessoal, material de consumo e serviços), visando garantir a legalidade do ato administrativo.

O orçamento-programa utiliza a estrutura organizacional como base principal da alocação de recursos, desconsiderando a análise custo-benefício das ações governamentais.

A inovação central do orçamento-programa é a vinculação direta entre o planejamento e a execução orçamentária, focando nos resultados das ações e nos objetivos a serem alcançados, em vez de focar apenas no que se compra.

O orçamento-programa elimina a necessidade de controle de legalidade e honestidade dos agentes públicos, substituindo-o exclusivamente pelo controle de eficiência operacional.

No modelo de orçamento-programa, o aspecto jurídico do orçamento prevalece sobre o aspecto econômico, sendo que o controle da execução orçamentária foca primordialmente na classificação contábil da despesa (o objeto de gasto), visando garantir que o gestor não ultrapasse os limites de aquisição de insumos.