A estrutura de controle interno da organização está sujeita a limitações que podem se originar de falhas no julgamento humano ou da presença de conluios entre pessoas que anulem os controles implementados.

Em razão do pressuposto do juiz natural, o órgão do Poder Judiciário deve afastar a ilegalidade imposta por agente público autoritário representante do Estado, independentemente de interesse ou petição do administrado.

O controle da execução orçamentária envolve a arrecadação de receita e os gastos públicos, assim como o surgimento e a extinção de obrigações.

Por meio do sistema de controle externo, o Poder Executivo exerce o controle da execução financeira, a avaliação da fidelidade funcional dos agentes públicos e a avaliação do cumprimento dos programas de trabalho.

O Tribunal de Contas da União julga as contas dos administradores e dos demais responsáveis por dinheiros, bens e valores públicos da administração direta e indireta da União, bem como as dos que derem causa a qualquer prejuízo ao erário na aplicação de valores públicos.

O Poder Legislativo, em razão da representatividade popular, exerce controle sobre a administração pública em geral.

Os tribunais de contas exercem controle concomitante e subsequente sobre os atos dos agentes da administração pública.

O controle realizado pelo Poder Legislativo limita-se ao controle parlamentar e político, sendo reservado ao Judiciário o controle da legalidade de atos administrativos.

O controle das atividades financeiras, orçamentárias e patrimoniais é reservado pela Constituição Federal de 1988 para o exercício privativo do Poder Legislativo, com auxílio dos tribunais de contas.

O controle interno, que pode ser realizado pelo Poder Executivo, é também uma espécie de controle administrativo.