O viveiro deverá ser implantado em uma região rica em água. Os quantitativos de cálcio, sódio e boro nessa água deverão ser superiores a 400 ppm (partes por milhão).

O viveiro deverá ser localizado longe de cidades, de rodovias de fácil acesso e quando possível distante também das áreas de plantio. A proximidade de cidades e o fácil acesso podem contribuir para a deterioração das mudas no viveiro, em função da presença constante de pessoas estranhas. Por outro lado, a área de plantio distante evita a transmissão de doenças presentes no viveiro.

Para a Amazônia, o sistema agroflorestal é indicado, sobretudo, para as várzeas, onde os solos são pobres, e para as áreas de terras altas, onde os solos são férteis. Nas áreas de terras altas, deve-se priorizar as espécies agrícolas em detrimento das florestais.

A diversificação de espécies vegetais em um sistema agroflorestal contribui para inibir a propagação de insetos causadores de doenças. Em contrapartida, a maior umidade do ar que normalmente reina nessas áreas poderá favorecer o crescimento de fungos daninhos.

De forma geral, os sistemas agroflorestais têm inúmeras vantagens, mas, em contrapartida, também apresentam com freqüência uma desvantagem: a matéria orgânica retorna ao sistema em piores qualidades e menor quantidade.

Tendo como indicadores para implantação de um sistema agroflorestal o perigo de erosão e a fertilidade do solo, se uma área apresenta fertilidade do solo limitada e suscetibilidade a erosão, então o manejo florestal deve ser privilegiado em detrimento do cultivo agrícola.

Os sistemas agroflorestais preconizam a integração do cultivo de árvores em terras agrícolas sob o ponto de vista ambiental e não de produção. Geralmente, esses sistemas são aplicados para áreas de grande porte, contemplando, sobretudo, a cultura agrícola e tendo a floresta como complemento.

Os sistemas agroflorestais constituem uma das opções mais indicadas para o uso da terra de forma sustentável na Amazônia.

Assim como o solo, a biomassa da floresta amazônica é quimicamente pobre.

A maioria dos solos de terra firme da Amazônia é quimicamente muito pobre e tem uma baixa capacidade de retenção de nutrientes.