As águas dos aquíferos destinadas à preservação de ecossistemas em unidades de conservação de proteção integral apresentam para todos os parâmetros valores de referência de qualidade abaixo ou igual aos valores máximos permitidos mais restritivos dos usos preponderantes.

Os parâmetros mínimos a serem escolhidos para uma avaliação que pretende subsidiar uma proposta de enquadramento de um aquífero em uma classe de padrão de qualidade de água subterrânea são sólidos totais dissolvidos, nitrato e coliformes termotolerantes.

Águas dos aquíferos que não têm alteração de qualidade por atividades antrópicas e que não exigem tratamentos secundário e terciário não devem receber águas superficiais por recarga artificial que provoquem restrição aos usos preponderantes, mesmo que o objetivo seja conter cunha salina.

O valor máximo permitido indica o limite máximo de concentração para um parâmetro de qualidade, sendo variável em relação ao uso da água subterrânea.

Uma vez que os elementos maiores são comuns em quase todos os tipos de águas subterrâneas, as principais classificações químicas estão baseadas em elementos menores e traços.

Toda água subterrânea contaminada é uma água poluída para o consumo humano, mas nem toda água subterrânea poluída é uma água contaminada.

A carga hidráulica é composta pelo componente de elevação e pelo componente de pressão, podendo ser expressa por h = z + P/rg, em que h é a carga hidráulica, z é a carga de elevação, P é a pressão, r é a densidade do fluído e g é a aceleração da gravidade.