Para a descontaminação, os frascos plásticos devem ser submetidos à autoclave à temperatura de 121ºC e à pressão de 0,1 MPA (1 atm), durante 5 minutos.

Os frascos plásticos para exames microbiológicos podem ser de polipropileno ou policarbonato.

Óxido de etileno e radiações gama podem ser utilizados para esterilizar plásticos.

O plástico não é inerte a certos tipos de pesticidas, óleos e graxas.

O vidro é inerte a todos os constituintes, sem exceção.

Após a coleta, é conveniente o emprego de técnicas de preservação de amostras para retardar as alterações químicas e biológicas que podem acontecer após a retirada das amostras de suas condições originais.

O registro de medidas de campo, como temperatura da água e do ar, pH e condutividade, é totalmente dispensável durante as amostragens, uma vez que esses dados devem ser coletados em experimentos específicos para esse fim.

Para cada amostra, é necessário registrar-se o número de identificação, sua localização geográfica e de profundidade, bem como a data e hora da amostragem.

Para o monitoramento da qualidade da água em uma microbacia hidrográfica, os locais de coleta podem e devem ser diferentes a cada mês para que seja assegurada a confiabilidade do diagnóstico.

Durante a coleta de amostras, deve-se evitar a ingestão de bebidas alcoólicas, mas não há impedimentos em fumar, uma vez que os produtos resultantes da queima de cigarros são voláteis.