Ao entrar e ao sair do laboratório, é necessário lavar bem as mãos com água e sabão para minimizar o risco de contaminações cruzadas.

Na rotina microbiológica, utiliza-se a flambagem na chama do bico de Bunsen para esterilizar materiais, como as alças de platina e as bocas dos tubos em que se faz a semeadura.

O álcool 70 % serve como agente antisséptico.

O uso do vapor de água sob pressão é um método bastante eficaz de esterilização, sendo largamente empregado na esterilização de meios de cultura microbiológica.

A esterilização consiste na redução significativa no número de microrganismos contaminantes presentes em materiais inanimados.

Caso a parte externa do frasco de coleta microbiológica esteja contaminada, recomenda-se fazer a descontaminação com álcool 70 %.

Agulhas contaminadas devem ser reencapadas antes de serem descartadas. Esse descarte deve ser feito em recipientes rígidos, com tampa e adequadamente identificados.

A pipetagem de material biológico pode ser realizada com a boca, uma vez que o risco de contaminação é pequeno.

Como os laboratórios de microbiologia possuem informações detalhadas sobre todos os pacientes, não há necessidade de se tratar cada amostra como potencialmente patogênica.