O lixo que não esteja contaminado é colocado em sacos brancos, e o lixo com grande quantidade de sangue e muco dever ser colocado em sacos próprios na cor preta. O lixo contaminado deve ser recolhido sempre por serviços especializados para tal tarefa.

Todo material resultante da análise microbiológica é considerado contaminado; deve ser, portanto, descontaminado em autoclave, à temperatura de 121 ºC por trinta minutos.

O uso de álcool em gel nas mãos é imprescindível quando o risco de contaminação é alto e quando há contato direto com o sangue contaminado e outros fluidos corpóreos.

Para a água ser utilizada como matéria-prima, preconiza-se como limite máximo para microrganismos totais aeróbicos 100 UFC/mL e até 50 UFC/mL para microrganismo patógenos.

Para verificar a ocorrência de contaminação microbiológica na produção de medicamentos, alguns ensaios microbiológicosdevem ser realizados, tais como os métodos gerais de contagem em placas de microrganismos aeróbios e fungos e a pesquisa dos microrganismos patogênicos Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Salmonella spp e Staphylococcus aureus.

Para se ter um controle eficiente dos microrganismos, o uso da desinfecção é recomendado, por ser um processo que reduz o nível de microrganismos a níveis seguros e ainda elimina 99,9% das formas vegetativas.

Nas áreas da manipulação limpas, os detergentes e os desinfetantes usados devem ser controlados e deve ser usado mais de um tipo, para evitar resistência e seleção microbiana. Nessas áreas, deve ser ainda controle microbiológico em intervalos regulares.

Na área de preparo de medicamentos, deve existir uma área de identificação do medicamento pronto (dose, lote, prazo de validade) que esteja protegida dos agentes ambientais e garanta que esse medicamento possa ser utilizado com segurança, rapidez e comodidade.

Nas áreas de preparo de medicamentos, as instalações para o tratamento da água devem ser projetadas, construídas e mantidas de modo a produzirem água de qualidade adequada. A água utilizada no preparo dos medicamentos manipulados não estéreis não precisa ser destilada.

As chamadas áreas limpas possuem as superfícies lisas e impermeáveis, o que facilita a limpeza. Essas superfícies não possuem cantos, o que minimiza o acúmulo de partículas ou microrganismos e permite a aplicação repetida de agentes de limpeza.