Duas sequências similares e com a mesma função são ditas homólogas e não têm ancestral comum.

No resultado de alinhamento, por meio do programa BLAST, de gene associado ao câncer de mama, o e-value corresponde ao inverso da probabilidade resultante de um alinhamento que seja obtido ao acaso com uma sequência do banco de dados.

O método SAGE provê uma análise quantitativa da expressão gênica, com a vantagem de conseguir detectar transcritos desconhecidos em uma hiperplasia.

O formato FASTA de sequências nucleotídicas é sempre mostrado em letras minúsculas.

O sequenciamento genômico estrutural de célula extraída de câncer utiliza bibliotecas de cDNA, submetidas a processo de shot gun.

O formato de sequências FASTA obedece a um padrão que é definido por uma linha que se inicia pelo símbolo >, que determina uma definição curta sobre a sequência.

O alinhamento múltiplo de sequências pode ser local ou global.

A análise filogenética usa geralmente o alinhamento múltiplo de sequências.

Os métodos progressivos de alinhamento múltiplo de n sequências possibilitam calcular, na última fase, o alinhamento de todos os possíveis pares de sequências.

O HMMER usa modelos coloridos de Markov para alinhar uma sequência de aminoácidos com um determinado perfil (profile).