A técnica da PCR tem sido utilizada para análises de locos hipervariáveis do genoma, com o intuito de definir o quimerismo após o transplante de células progenitoras hematopoéticas.

Devido ao polimorfismo, é inviável a utilização da técnica da PCR para análise de diferenças nos locos de microssatélites.

A identificação de marcadores ligados a locos de características quantitativas (QTL) tem sido bastante utilizada para programas de seleção de animais para produção.

É possível utilizar marcadores de microssatélites na busca por loco de influência significativa em determinada característica, como, por exemplo, para seleção de gado de corte.

Marcadores microssatélites são os mais utilizados em estudos populacionais devido ao baixo conteúdo de informações polimórficas e à pouca distribuição no genoma.

Os microssatélites são sequências genômicas formadas por unidades de mono, di, tri ou tetranucleotídeos repetidos em múltiplas cópias enfileiradas (in tandem).

Por causa da imprecisão da reação de RT PCR, não é possível realizar a quantificação relativa do RNA a partir da curva padrão de DNA.

A quantificação relativa, na PCR de tempo real, pode ser usada para verificar mudanças na expressão de um determinado gene.

Na quantificação absoluta é desnecessária a construção de uma curva padrão.

Um ensaio de quantificação absoluta, na PCR de tempo real, permite monitorar o estado de uma doença.