A escrituração sintética das operações financeiras e patrimoniais deve ser feita pelo método das partidas dobradas.

A racionalização das ações de controle interno busca eliminar atividades de auditoria em duplicidade nos órgãos/unidades que integram o sistema de controle interno do Poder Executivo federal. Um dos resultados esperados dessa racionalização é gerar novas atividades de auditoria, que preencham lacunas existentes, por meio de pauta de ações articuladas.

O monitoramento dos trabalhos realizados pelas unidades de auditoria interna destina-se à elaboração de metodologias de processos de trabalho e orientação das equipes. Mediante esse monitoramento, são identificadas falhas a serem corrigidas posteriormente, no processo de auditoria de gestão.

Indícios de irregularidades constatados pelos órgãos e unidades do SCI devem ser comunicados ao TCU, ao Ministro da Fazenda e aos respectivos órgãos de controle interno e externo dos entes recebedores, para que sejam tomadas as providências devidas.

Em seu trabalho de fiscalização e auditoria, os órgãos e as unidades do SCI verificam se o objeto pactuado, nos instrumentos em que a União assume compromissos, com previsão de transferência de recursos financeiros de seus orçamentos para estados, Distrito Federal e municípios, foi executado, obedecendo aos respectivos projetos e plano de trabalho, conforme conveniado, e se sua utilização obedece à destinação prevista no termo pactual.

Para o cumprimento de suas atribuições e alcance de suas finalidades, o SCI deve realizar suas atividades com foco nos resultados da ação governamental. Para tanto, deve utilizar metodologia de planejamento específica, que considere os programas de governo fator básico de organização da função pública, e a gestão pública, mobilização organizacional para o alcance desses resultados.

Admite-se restringir o fornecimento de informações e documentos sigilosos ou confidenciais aos servidores do sistema de controle interno, ainda que no desempenho de atribuições inerentes às atividades de auditoria e fiscalização.

Os assessores especiais de controle interno devem encaminhar, no prazo previsto em lei, à Secretaria Federal de Controle Interno do Ministério da Fazenda, antes mesmo que o respectivo ministro de estado tome deles ciência, os fatos irregulares de que tiverem conhecimento. Caso a comunicação não ocorra no prazo determinado, os assessores especiais responderão solidariamente com os responsáveis pelas irregularidades.

Ao constatarem que houve prejuízo à União, os órgãos e as unidades do SCI deverão encaminhar o processo ao TCU, ou, se for o caso, à Controladoria Geral da União (CGU), para que sejam tomadas as providências com vistas ao ressarcimento ao erário.

Nos ministérios, o apoio à supervisão e ao controle externo dos assuntos de sua missão institucional é atribuição da Secretaria Federal de Controle Interno (SFC).