A broncoscopia está indicada nos casos de suspeita de lesões traumáticas da via aérea. Para as pequenas lesões de traqueia, nas quais não há a presença de pneumotórax ou outras lesões associadas, o tratamento conservador pode ser utilizado.

O fenômeno de hibernação atelectásica do pulmão ocorre quando a separação traumática dos cotos brônquicos cicatriza-se espontaneamente, levando à estenose brônquica crônica. Nesse caso, o sucesso da cirurgia reparadora de broncoplastia independe do tempo em que ocorreu a lesão brônquica.

Para os casos de lesão em avulsão da traqueia cervical, em que a traqueia se comunique com o meio externo, estará indicada a utilização da própria lesão traqueal como traqueostoma para manutenção da via aérea no atendimento emergencial.

Um paciente idoso, com passado de tuberculose e sequelas radiológicas bilaterais, que apresente hemoptise importante, deve ser submetido a broncoscopia para identificação do local do sangramento e tentativa de controle do sangramento, bem como a embolização da artéria brônquica para controle do sangramento, antes do procedimento de resseção pulmonar. Essas condutas podem minimizar os riscos de uma ressecção pulmonar de emergência.

A identificação das esférulas do Coccidioides immitis no material coletado pelo lavado broncoalveolar, na suspeita de coccidioidomicose, é uma forma de diagnóstico bastante eficaz e pouco invasiva.

O diagnóstico da pneumocistose é feito principalmente pela cultura da bactéria em material coletado pela broncoscopia com lavado broncoalveolar.

A actinomicose, que é uma infecção fúngica resistente à maioria dos antifúngicos, provoca uma fibrose pulmonar intensa com tosse seca. O diagnóstico dessa doença acontece principalmente por meio da biópsia transbrônquica, uma vez que a identificação do fungo pelo lavado broncoalveolar é bastante rara.

Pacientes com diagnóstico tomográfico de tuberculose pulmonar multirresistente e que mantenham lesão suspeita de atividade após três meses de quimioterapia adequada devem ser submetidos a broncoscopia para coleta de lavado e pesquisa de BAAR e cultura de BK. Nesses casos, quando se identificarem bacilos viáveis e a doença for localizada, a resseção radical será curativa, não havendo necessidade de quimioterapia adjuvante.

No manejo dos tubos endotraqueais ou cânulas de traqueostomia, a pressão do balão deve ser mantida preferencialmente abaixo de 20 mmHg para reduzir a isquemia da mucosa traqueal e evitar a consequente estenose traqueal associada à entubação traqueal.

Um paciente que necessite de ventilação mecânica, mas que seja portador de fístula traqueoesofágica, deve ser submetido ao fechamento primário da fístula o quanto antes possível, pois a fístula mantém a infecção no parênquima pulmonar devido à aspiração crônica.