Compete ao presidente do STM determinar a instauração de sindicância, inquérito e processo administrativo em face de possível transgressão de juiz-auditor militar.

Para ocupar cargo em um dos três primeiros níveis do grupo-direção e assessoramento superior do quadro da Secretaria do STM, o servidor deve ser ocupante de cargo de nível superior do respectivo quadro.

Caso o diretor-geral da Secretaria do STM aplique pena disciplinar a servidor que lhe seja subordinado, o recurso da penalidade deverá ser encaminhado ao vice-presidente do STM.

A aplicação de pena disciplinar aos servidores auxiliares da justiça militar da União pode preceder-se de advertência.

Mensalmente, os diretores de secretarias das auditorias devem fornecer aos respectivos juízes-auditores a relação de inquéritos e demais processos que se encontrarem parados em suas respectivas secretarias.

Juiz-auditor pode afastar-se de suas funções para realizar cursos, a critério do STM, por um período de até dois anos, contando o tempo de afastamento como de efetivo exercício.

Os ministros civis do STM são substituídos por juiz-auditor corregedor, ou, na falta deste, por juiz-auditor sorteado pelo presidente do STM entre os cinco mais antigos.

A auditoria de correição é exercida, em cada circunscrição judiciária militar, pelo respectivo juiz-auditor mais antigo.

Oficial de carreira das Forças Armadas que sirva no estado do Maranhão pode compor conselho de justiça da 8.ª Circunscrição Judiciária Militar.

O oficial que se encontre na situação de agregado à respectiva Força Armada pode ser sorteado para compor conselhos de justiça pelo período máximo de um mês.