Na computação básica, os computadores realizam operações de acordo com um sistema de numeração embasado nos números 0 e 1. Esse sistema é denominado:

Marque a alternativa que apresenta CORRETAMENTE o que ocorrerá se for construído num vetor de expressão uma biblioteca de cDNA de estame de flores de soja, triando os clones obtidos com anticorpos produzidos contra sépalas de flores da mesma espécie:

O microarranjo é uma técnica que busca medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. Considerando os processamentos de bioinformática dos experimentos de microarranjo, analise as afirmativas a seguir:

I. Os passos para a análise de microarranjos, de modo geral, são: preparação, aquisição, processamento, análise da imagem, quantificação e normalização e, finalmente, a identificação dos genes diferencialmente expressos.

II. As medidas de intensidade de fluorescência, em cada canal de cor da imagem, podem ser distorcidas durante os passos de preparação de dados. A normalização de dados desconsidera condições experimentais como as variações de intensidade e hibridização.

III. A normalização utiliza descritores estatísticos que incluem a média, mediana, moda ou percentil da distribuição da intensidade das amostras no arranjo.

IV. O desenho experimental de um microarranjo permite a identificação de genes diferencialmente expressos e o desenvolvimento de novas ferramentas de diagnóstico.

Está CORRETO o que se afirma apenas em:

Analise as afirmativas que se seguem, acerca da organização de bancos de dados de genes:

I. Anotação genômica é o processo de predição funcional de genes com base em comparações com bancos de dados.

II. No banco de dados de ESTs (etiquetas de sequências expressas) armazenado no GenBank, estão estocadas sequências curtas de cerca de 200 a 500 nucleotídeos e identificadas como únicas em um genoma resultante de um amplicon pela reação da polimerase em cadeia (PCR).

III. As bases de dados COG e KOG são bases de dados de proteínas ortólogas de organismos procariotos (COG) e eucariotos (KOG).

Está CORRETO o que se afirma em:

Com relação ao sequenciamento de genoma, analise as afirmativas abaixo:

I. No pirossequenciamento, ocorre a amplificação do DNA por PCR em emulsão, e a incorporação de cada nucleotídeo acarreta a liberação de pirofosfato.

II. O sequenciador Illumina/Solexa utiliza a técnica de sequenciamento por síntese, em que um nucleotídeo é incorporado por vez, em uma reação catalizada pelo DNA polimerase fixada em uma nanoesfera.

III. O formato padrão dos arquivos produzidos pelo sequenciador SOLID foi nomeado Standard Flowgram File (SFF) e pode conter dados de uma ou várias sequências.

IV. A partir de um genoma de referência, pode-se mapear as sequências produzidas pelas novas tecnologias de sequenciamento e agrupá-las conforme sua posição relativa, e, a partir desse mapeamento, identificar polimorfismos responsáveis pela manifestação de doenças.

Está CORRETO o que se afirma apenas em:

Considerando o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados, analise as afirmativas abaixo:

I. No resultado de alinhamento, por meio do programa BLAST, o E-value corresponde ao inverso da probabilidade resultante de um alinhamento que seja obtido ao acaso com uma sequência do banco de dados.

II. Duas sequências similares e com a mesma função são ditas homólogas e não têm ancestral comum.

III. Parálogos são genes que possuem a mesma função na mesma espécie, em consequência de fenômenos de duplicação gênica.

IV. Ortólogos são genes que possuem funções diferentes em espécies diferentes.

Está CORRETO o que se afirma apenas em:

No que diz respeito ao alinhamento múltiplo de sequências, analise as afirmativas abaixo:

I. O alinhamento múltiplo de sequências é bastante utilizado para obtenção das estruturas terciárias das proteínas que o compõem.

II. O CLUSTALW é uma das ferramentas heurísticas mais comuns para alinhamento múltiplo de sequências.

III. Os métodos progressivos de alinhamento múltiplo de n sequências possibilitam calcular, na última fase, o alinhamento de todos os possíveis pares de sequências.

IV. A análise filogenética usa geralmente o alinhamento múltiplo de sequências.

Está CORRETO o que se afirma apenas em:

Com relação aos bancos de dados genômicos, leia as afirmativas abaixo, atribuindo V para as verdadeiras e F para as falsas:

( ) O formato FASTA é composto por uma linha de comentário iniciada por “>”; pela sequência biológica; e por um “*” opcional, que marca o final da sequência.

( ) O MSS (multiple sequence standard) é um formato comum para alinhamentos múltiplos de sequências.

( ) O NCBI (National Center for Biotechnology Information) mantém o GenBank, que é uma coleção anotada de sequências de DNA disponíveis publicamente.

( ) A base de dados nr é mantida pelo NCBI e sua sigla significa New and Representative.

A sequência CORRETA é:

Leia as afirmativas abaixo, referentes à bioinformática e à biologia computacional, atribuindo V para as verdadeiras e F para as falsas:

( ) A bioinformática pode ser definida como uma área multidisciplinar que envolve principalmente a Biologia, a Ciência da Computação, a Matemática e a Estatística.

( ) Enquanto a biologia computacional trata de ferramentas para a organização e a recuperação de informações biológicas, a bioinformática está relacionada ao desenvolvimento de algoritmos.

( ) A biologia computacional é um campo de pesquisa muito próximo ao da bioinformática.

A sequência CORRETA é:

Leia as afirmativas abaixo sobre anotação genômica:

I. Uma forma comum de se realizar a anotação de proteínas é procurar similaridades das sequências com proteínas presentes em diferentes bancos de dados, utilizando ferramentas de alinhamento local como o BLASTp ou PSI-BLAST.

II. Para a busca de domínios funcionais de proteínas, têm sido usadas bases de dados como PFAM, PRINTS, PROSITE, ProDom, SMART e BLOCKS.

III. Na anotação genômica, o que é normalmente feito é a classificação das proteínas preditas com base em domínios funcionais, configurações espaciais e presença de padrões conservados, além de pesquisa ampla de similaridade contra proteínas bem caracterizadas.

Está CORRETO o que se afirma em: