O hipotireoidismo congênito não tratado apresenta evolução benigna na maioria dos casos, com comprometimento cognitivo reversível após início tardio do tratamento.

O prognóstico do HC depende exclusivamente da dose inicial de levotiroxina prescrita.

O diagnóstico e tratamento precoces são fundamentais, pois o HC não tratado pode causar nanismo, incapacidade intelectual grave e alterações irreversíveis da função cognitiva.

O comprometimento cognitivo no HC ocorre apenas nos casos associados a malformações estruturais da tireoide.

Após o início do tratamento, a manutenção dos níveis hormonais não interfere no prognóstico a longo prazo.