O atendimento educacional especializado ocorre nessas instituições exclusivamente por meio das salas de recursos multifuncionais em contraturno, conforme previsto pela Resolução CNE/CEB Nº 2/2001.

Os núcleos de acessibilidade (Napnes), constituem os serviços de apoio/atendimento disponibilizados aos estudantes público-alvo da Educação Especial, mas também podem/realizam atividades de pesquisa e de extensão dentre outras ações.

Os IFs procedem o atendimento educacional especializado por meio de parcerias com escolas especiais, o estudante público-alvo da Educação especial recebe a formação profissional na rede federal e no contraturno frequenta classes especiais em outras instituições.

O modelo mais comum adotado para o atendimento educacional especializado é o do professor itinerante lotado nas reitorias que visita os campi conforme a necessidade dos professores regentes de educação profissional.

Os IFs, por força de lei, têm em seus quadros funcionais compostos por servidores efetivos com as seguintes funções: professor especializado em Educação Especial, Tradutor Intérprete de Libras, Audiodescritor e Ledor em cada campus.