O processo de craqueamento consiste na quebra de moléculas de triglicerídeos (presentes em óleos e gorduras) em moléculas menores, conhecidas como hidrocarbonetos. Além de apresentarem características semelhantes ao diesel de petróleo, dão origem ao biodiesel. Geralmente neste processo ocorre a formação de uma mistura composta por hidrocarbonetos saturados, insaturados ou aromáticos.

Alguns compostos oxigenados se tornam indesejáveis à utilização do biocombustível, pois com a corrosão podem prejudicar os motores que o utilizam, dentre eles os mais prejudiciais seriam: