A ensilagem do bagaço doce libera mais metanol em relação à ensilagem do bagaço fermentado, pois a hidrólise enzimática da pectina é menos acentuada no primeiro caso.

Durante a ensilagem o pH do bagaço de uva deve ser elevado variado entre 4,0 a 5,0, pois quando o pH é mais baixo favorece o desenvolvimento de bactérias acéticas e láticas, e a consequente produção de compostos indesejáveis.

A ensilagem prologada do bagaço favorece a formação de ácido acético especialmente quando no interior do silo há disponibilidade de oxigênio.

Na ensilagem, os cuidados principais devem ser somente no sentido de evitar formação elevada de produtos secundários e desenvolvimento bacteriano.

A ensilagem deve ser feita logo após concluir a fermentação, sem que aconteça a prensagem, uma vez que, poucas horas depois, podem ocorrer contaminações por microorganismo.