Na seleção das matrizes (reprodutores) em espécies nativas utiliza-se inicialmente o dimorfismo sexual e, em seguida, a escolha dos futuros reprodutores mediante análise das características evidentes. Após a reprodução, pode-se obter marcadores moleculares a partir da análise dos melhores indivíduos e utilizar estes marcadores como auxiliar na avaliação da prole destes cruzamentos.