O Conselho Consultivo é o órgão permanente da EBSERH que tem a finalidade de oferecer consultoria e apoio à Diretoria Executiva e ao Conselho de Administração, além de avaliar e fazer sugestões em relação ao papel social da EBSERH, de acordo com seus objetivos específicos na sociedade.

O Conselho Consultivo é constituído pelos seguintes membros: o Presidente da EBSERH, que o preside; dois representantes do Ministério da Educação; dois representantes do Ministério da Saúde; quatro representantes dos usuários dos serviços de saúde dos hospitais universitários federais, filiais da EBSERH, indicados pelo Conselho Nacional de Saúde.

Os membros do Conselho Consultivo serão indicados anualmente, pelos respectivos órgãos ou entidades, e designados pelo Ministro de Estado da Saúde, sendo suas investiduras feitas mediante registro na ata da primeira reunião de que participarem.

A atuação de membros da sociedade civil no Conselho Consultivo será remunerada por subsídio equivalente a vinte por cento da remuneração dos Diretores, assegurada, inclusive, a indenização das despesas com locomoção, estadia e alimentação necessárias ao desempenho da função.

O Conselho Consultivo reunir-se-á, ordinariamente, pelo menos uma vez por semana e, extraordinariamente, a pedido de dois terços dos seus membros ou sempre que convocado pelo Presidente, por sua iniciativa ou por solicitação do Conselho de Administração.