Apenas o Superior Tribunal Militar, a Corregedoria da Justiça Militar, o Juiz-Corregedor Auxiliar e os Conselhos de Justiça são órgãos da Justiça Militar da União.

O Superior Tribunal Militar, com sede na Capital Federal e jurisdição em todo o território nacional, compõe-se de quinze ministros vitalícios, nomeados pelo Presidente da República, depois de aprovada a indicação pelo Senado Federal.

Compete aos Conselhos de Justiça processar e julgar os oficiais generais das Forças Armadas, nos crimes militares definidos em lei.

A Lei de Organização Judiciária Militar não tem mais aplicabilidade nos crimes de competência da Justiça Militar, haja vista que se impera o principio constitucional da irretroatividade da lei maligna.

A Corregedoria da Justiça Militar, com jurisdição em todo o território nacional, é exercida por Juiz-Corregedor Auxiliar da Presidência do Superior Tribunal Militar.