O acoplamento GC-MS é possível porque o espectrômetro de massas opera em condições de alta pressão, compatíveis com a pressão de saída da coluna capilar.

O GC separa compostos líquidos a temperatura ambiente e os injeta diretamente no analisador de massas, que registra suas massas moleculares sem necessidade de ionização.

A interface entre GC e o MS deve manter o vácuo necessário para o funcionamento do espectrômetro, permitindo a transferência eficiente dos analitos na fase gasosa.

A utilização de gases reagentes na cromatografia a gás permite aumentar a sensibilidade da detecção no espectrômetro de massas.

O espectrômetro de massas realiza a separação dos analitos com base em sua volatilidade, complementando a separação realizada pelo GC com base na massa molecular.