O uso de anti-inflamatórios não-hormonal, por via retal, tem demonstrado uma diminuição na incidência de pancreatite aguda pós-papilotomia endoscópica.

A colangite é a complicação mais comum, que pode ser evitada com o uso de antibioticoproflaxia.

A ocorrência de perfuração das vias biliares deve ser tratada sempre com o tratamento cirúrgico imediato, uma vez que fístulas tratadas tardiamente são de difícil controle.

A necessidade de tratamento cirúrgico para o controle de hemorragia pós-papilotomia na CPRE chega a 50% (cinquenta por cento), uma vez que estes sangramentos derivam de ramos diretos da artéria gastroduodenal.

A dilatação com balão do esfíncter de Oddi surgiu como uma alternativa à esfincterotomia durante a CPRE. Apresentando com vantagens uma menor incidência de sangramento, pancreatites e perfurações, porém o seu custo elevado o torna inacessível em muitos centros.