os analisadores de massas quadrupolar oferecem a desvantagem de tempos de varredura curtos (menores que 100 ms), o que impossibilita sua utilização para varreduras em tempo real de picos cromatográficos.

no analisador de massas triplo quadrupolo, o segundo quadrupolo não é utilizado para separar íons de acordo com a razão m/z, mas sim como cela de colisão, na qual ocorre a fragmentação dos íons selecionados no primeiro.

a grande popularidade dos espectrômetros de massa sequenciais pode ser atribuída ao surgimento dos instrumentos do tipo quadrupolo único.

com um equipamento do tipo triplo quadrupolo não é possível realizar todos os tipos de varredura, mas apenas do íon produto e do íon precursor.

quadrupolos são limitados do ponto de vista quantitativo, visto que apresentam baixa exatidão de massas (tipicamente de uma casa decimal) e baixa resolução (resolução unitária).