A contaminação biológica ocorre quando microrganismos indesejáveis, como bactérias, fungos, vírus ou parasitas (ex.: vermes), estão presentes no alimento.

Os alimentos podem ser contaminados por produtos químicos, quando esses são usados indevidamente em alguma das etapas da cadeia produtiva. É o caso dos agrotóxicos e fertilizantes utilizados no cultivo de frutas, verduras, legumes e cereais. Eles podem causar intoxicações sérias aos trabalhadores do campo e também aos consumidores. Resíduos de agrotóxicos podem permanecer nos alimentos mesmo depois de lavados e preparados e provocar inúmeras doenças que, muitas vezes, demoram para se manifestar.

Outro tipo de contaminação química ocorre pelo uso de medicamentos para tratar ou prevenir doenças em animais que fornecem carne, leite e ovos. Esses medicamentos estão sendo estudados pelas Ciências Médicas, pois os resíduos dessas substâncias encontrados nas carnes consumidas pelos seres humanos têm sido relacionados a vários problemas de saúde. É por isso que os cuidados com os alimentos devem começar desde a sua origem, ou seja, na fazenda onde os animais são criados.

A contaminação física ocorre quando materiais estranhos como pedaços de metal, madeira, pregos, lâminas, vidros, pedras e ossos estão presentes no alimento. Esses materiais podem causar danos físicos, a saber, feridas na boca e dentes quebrados, àqueles que os consumirem.

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