Dentre os órgãos auxiliares do Ministério Público de Contas inclui-se o Conselho Superior do Ministério Público de Contas dos Municípios.

Dentre os órgão da Administração Superior do Ministério Público de Contas dos Municípios incluem-se os Subprocuradores de Contas dos Municipios.

Aos servidores do quadro do Ministério Públicos de Contas dos Municípios do Estado do Pará não se aplica a Lei 5.810/1994, e sim as regras do seu Regimento Interno.

O Secretário, os Diretores e os demais servidores que compõe o Anexo I da LC 86/2013 receberão salários dissociados daqueles do Tribunal de Contas dos Municipios do Estado do Pará.

A estrutura administrativa do Ministério Público de Contas dos Municipios do Estado do Pará é composta de Secretaria, Departamento Administrativo e Financeiro e Departamento de Gestão Operacional.