O Bioma Cerrado é composto por árvores baixas com troncos retorcidos, folhas e cascas grossas, além de uma vasta vegetação rasteira formada por capins nativos e arbustos; a ocorrência de incêndios devido às técnicas de manejo agropecuário pode ocasionar múltiplos danos à vegetação, à fauna e à saúde humana.

Há no estado nascentes das três maiores bacias hidrográficas do país, cujas principais fontes de poluição resultam, entre outros fatores, dos esgotos domésticos, despejos industriais e das águas do retorno de irrigação.

A planície mato-grossense é formada por chapadões com a função de divisores de águas de importantes bacias hidrográficas cujas Áreas de Preservação Permanentes encontram-se intocadas.

O Bioma Pantanal é recoberto por uma vegetação característica com predominância do Cerrado cujo desmatamento para estabelecimento de pastagens cultivadas pode levar à perda de áreas nativas e da biodiversidade.