Nos protocolos de preparo de amostras proteicas para a digestão enzimática e consequente sequenciamento dos peptídeos por espectrometria de massas, utiliza-se o reagente ditiotreitol (DTT) para reduzir as pontes de dissulfeto existentes em várias proteínas. No entanto, os grupos sulfidrilas (SH) das cisteínas podem ser oxidados ao longo do processo. Para proteger estes grupos, o reagente 2-iodoacetamida é adicionado à reação logo em seguida, levando à modificação destes grupos. Como consequência, no processo de identificação das sequências primárias dos peptídeos pelo algoritmo de busca MASCOT, necessita- se selecionar o tipo de modificação química promovida pela 2-iodoacetamida nas cisteínas. A modificação fixa que deve ser selecionada é a: