Nos protocolos de preparo de amostras proteicas para a digestão enzimática e consequente sequenciamento dos peptídeos por espectrometria de massas, utiliza-se o reagente ditiotreitol (DTT) para reduzir as pontes de dissulfeto existentes em várias proteínas. No entanto, os grupos sulfidrilas (SH) das cisteínas podem ser oxidados ao longo do processo. Para proteger estes grupos, o reagente 2-iodoacetamida é adicionado à reação logo em seguida, levando à modificação destes grupos. Como consequência, no processo de identificação das sequências primárias dos peptídeos pelo algoritmo de busca MASCOT, necessita- se selecionar o tipo de modificação química promovida pela 2-iodoacetamida nas cisteínas. A modificação fixa que deve ser selecionada é a:

As matrizes mais comumente usadas para ionizar peptídeos e proteínas são, respectivamente:

De acordo com figura a seguir, a massa molecular do pico de número 1 é:

Uma das aplicações do imageamento por espectrometria de massas é a possibilidade de identificação de biomoléculas que se localizam em uma mesma região. Para isto, são necessários estudos estatísticos capazes de analisar um grande conjunto de espectros. O método estatístico mais adequado para definir diferentes regiões em um mesmo tecido é o(a):

A sequência da proteína ubiquitina humana encontra-se descrita a seguir:

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

O número máximo de peptídeos gerados se a ubiquitina for digerida pela enzima tripsina é igual a:

Para a análise de proteínas por imageamento por espectrometria de massas, as lâminas contendo os cortes histológicos precisam ser previamente submetidas ao processo de:

O método de ionização mais usado nos experimentos de imageamento por espectrometria de massas e que fornece a melhor resolução radial das imagens é o:

Para a análise de lipídeos de órgãos de animais por imageamento por espectrometria de massas, os órgãos devem ser retirados e imediatamente:

Um dos principais métodos de coloração de cortes histológicos utiliza os reagentes hematoxilina e eosina porque:

As biópsias de pacientes guardadas em bancos de amostras nos hospitais são geralmente fixadas e parafinizadas. Para serem analisadas por imageamento por espectrometria de massas, as biópsias precisam ser previamente submetidas ao processo de: