Há sistemas operacionais nos quais a cada arquivo é associado um bloco de índice em que são armazenados endereços de blocos com os dados do arquivo. Esse método, chamado alocação indexada, reduz a fragmentação interna presente quando é empregada alocação contígua. Se um sistema suporta ambos os métodos de alocação, deve-se usar alocação indexada se o acesso aos dados for direto, e alocação contígua se o acesso for seqüencial.