é a realização do sequenciamento das amostras pela estratégia de Shotgun, em uma profundidade a partir de 10.000.000 de reads, pois possibilitará, com alta confiabilidade, a taxonomia em nível de espécie e a identificação precisa da coleção de genes de resistência a antimicrobianos.

é a realização do sequenciamento das amostras pela estratégia de amplificação e sequencimento de amplicons, pois permitirá a identificação do microbioma presente nas fezes dos animais apresentando a taxonomia em nível de espécie para procariotos e eucariotos, assim como a identificação de vírus e a determinação dos genes de resistência a antimicrobianos.

é o sequenciamento de amostras pela estratégia de Shotgun, a depender da profundidade e da qualidade das reads geradas, pois possibilitarão a determinação taxonômica do microbioma em nível de espécie e a identificação de genes de resistência a antimicrobianos.

é o sequenciamento de amplicons, levando em conta o custo e o tempo dispendidos nas análises, construindo quatro bibliotecas para cada amostra: uma com amplicons bacterianos, uma com amplicons eucarióticos, uma com amplicons virais e uma com amplicons de genes marcadores de resistência a antimicrobianos.

é o emprego do sequenciamento por Shotgun, para assim identificar o microbioma, associado ao sequenciamento de amplicons, para identificar o resistoma.