As embalagens devem ser armazenadas sobre paletes para evitar o contato direto com o piso do depósito.

Recomenda-se a construção de um compartimento isolado para o armazenamento de agrotóxicos. Se os produtos forem guardados num galpão de máquinas, a área deve ser isolada com tela de proteção ou parede e mantida fechada.

Não faça estoque de produtos além das quantidades para uso a curto prazo, como uma safra agrícola. Deve ser efetuado um controle permanente das datas de validade dos produtos para evitar o vencimento. É importante aplicar um sistema de rodízio, de tal forma que a primeira mercadoria a entrar seja a primeira a sair.

A altura máxima de empilhamento vem especificada na embalagem, na Ficha de Informação de Segurança de Produto (FISP), ou deve-se verificar direto com o fabricante. Pode variar em função da qualidade e resistência do material utilizado na embalagem. As embalagens devem ser dispostas de forma aleatória, sem a necessidade de ordem das embalagens.