Os mecanismos de apoio indireto são concedidos normalmente via incentivos fiscais, com a isenção de uma parte da receita fiscal do governo para que as empresas possam aumentar os seus investimentos em PD&I.

Os mecanismos diretos apoiam iniciativas de inovação de empresas e Instituições de Ciência e Tecnologia (ICTs) por meio da concessão de recursos financeiros nas modalidades não reembolsáveis (em que não há a exigência de devolução da quantia recebida ao governo), reembolsável (como financiamentos e juros subsidiados) e recursos humanos para PD&I (aporte de recursos para subsidiar a contratação de pessoal dedicado a essas atividades).

As empresas beneficiadas devem prestar contas, ao MCTIC e ao MDIC, das informações relacionadas aos incentivos fiscais utilizados e dos projetos de PD&I beneficiados no ano corrente ao de utilização dos benefícios. Após a análise destas informações, feita pelos ministérios, os mesmos (MCTIC e MDIC) geram um relatório consolidado e o enviam à RFB.

A fiscalização dos mecanismos de apoio indireto (incentivos fiscais) é de responsabilidade da Receita Federal do Brasil (RFB), com o apoio do ministério responsável tecnicamente pelo incentivo, como o MCTIC (responsável pelas Lei do Bem e Lei de Informática) e MDIC (responsável pela Lei Inovar-Auto).

As principais medidas de apoio indireto (fiscais) de apoio à inovação estão previstas na Lei do Bem (Lei nº 11.191/2005), na Lei de Informática (Lei nº 8.248/1991) e na Lei Inovar-Auto (Lei nº 12.715/2012).