Embora o ácido peracético seja bastante eficaz frente a diversos tipos de micro-organismos, ele é inativado pela presença de matéria orgânica e apresenta limitações de manuseio, pois são irritantes à pele e a mucosas.

O hipoclorito de sódio é um composto clorado inorgânico e um dos sanitizantes mais utilizados por sua versatilidade e baixo custo. Apresenta algumas desvantagens, também, como a instabilidade no armazenamento e a corrosão de materiais.

Os compostos quaternários de amônia são sanitizantes bastante comuns. Apresentam excelente efeito contra bactérias gram negativas e esporos. Apresentam a vantagem de apresentarem atividade detergente e não serem tóxicos nem corrosivos.

As soluções de peróxido de hidrogênio podem ser utilizadas na indústria de alimentos em concentrações que apresentam baixa toxicidadee, não são corrosivas e não precisam ser enxaguadas. São eficientes contra bactérias Gram positivas e negativas.

O álcool (etanol) é utilizado preferencialmente na concentração de 70%, onde tem uma ação antimicrobiana mais eficiente. Em concentrações mais elevadas, pode ter ação melhor em superfícies com resíduos lipídicos, mas diminui sua ação de desnaturação proteica.